Dès le second siècle de notre ère, vers 150, une communauté chrétienne y prend forme sous l’impulsion de Saint Pothin, prêcheur probablement venu du Levant et traditionnellement reconnu comme premier Evêque de la ville. Celui-ci, avec plusieurs de ses condisciples, au nombre desquels la fameuse Sainte Blandine, y connaîtra le martyre en 177.
Remplacé par Saint Irénée, c’est sous le très long épiscopat de ce dernier, presque 50 ans, que l’Eglise connaît à Lyon son véritable essor, suite à quoi le Diocèse est, dès le IIIe siècle, élevé au rang d’Archidiocèse Métropolitain.
L’éclatement de l’Empire Romain ne bloque pas le développement de Lyon, qui devient la ville principale du Royaume des Burgondes, puis de Royaume de Bourgogne.
En 1078, le Pape Grégoire VII accorde à l’Archevêque de Lyon le titre de "Primat des Gaules", lui accordant ainsi de jure la prééminence sur les quatre provinces ecclésiastiques de l’ouest du Rhin .
Le développement spirituel, va alors croître en parallèle au développement politique des pouvoirs de l’Archevêque. A la mort du Roi Rodolphe III de Bourgogne, son demi-frère Burchard, Archichancelier du Royaume est alors Archevêque de Lyon, et il parvient à se faire reconnaître dans l’héritage du Roi pour la suzeraineté sur la ville de Lyon. Après des décennies de conflit avec une partie du clergé et de la bourgeoisie lyonnaise, ainsi que ses puissants voisins, tout particulièrement le Comte de Forez, un accord de partage fini par être conclu en 1173, au titre duquel, l’Archevêque et les Chanoines de Lyon reçoivent, avec le titre de Comte , l’autorité sur la ville de Lyon, tandis que le Comte de Forez reçoit l’essentiel des territoires que possédait l’Archevêché à l’ouest du Rhône.
Si ce n’est l’octroi au cours du Moyen-Age, après il faut le dire une série de révoltes, de grandes libertés communales aux bourgeois lyonnais, la situation reste en l’état jusqu’à la Révolution. Lyon, est alors une ville au commerce prospère, et à l’activité intellectuelle et religieuse active. L’Archevêché de Lyon, bien que dépourvu de Pairie , est l’une des places les plus recherchées au sein de l’Episcopat français, tant par les revenus qu’il procure que par la position spirituelle et sociale qu’il recouvre, à la tête duquel quelques un des prélats français les plus importants s’y succéderont.
Durant cette période, Lyon a pour suffragants les Diocèses d'Autun, de Chalon-sur-Saône, de Langres et de Mâcon.
Dans le courant du XVIIIe de nouveaux diocèses vont venir s'y adjoindre, celui de Dijon, créé en 1731, celui de Saint-Claude, établi en 1742 par sécularisation de l'Abbaye du lieu, celui de Chambéry, créé en 1779, et enfin celui de Moulins, créé en 1787.
Avec la Révolution Française, les choses sont bouleversées. L’Archevêque et le Chapitre perdent leurs pouvoirs politiques. Puis, avec la "Constitution civile du Clergé" l’ancienne carte ecclésiastique est abolie, chaque département devenant le siège d’un Diocèse, avec des Evêques élus par les assemblées départementales. La crise provoquée par cette loi sera majeure, de nombreux Prêtres et Evêques "réfractaires" sont arrêtés ou contraints à l’exil et de nouveaux Evêques "constitutionnels" nommés à leur place. Le Diocèse de Lyon devient Diocèse du Rhône-et-Loire, puis après la division du département du Diocèse du Rhône, avec rang métropolitain, sous le titre de Métropole du Sud-Est, et couvrant les départements du Rhône-et-Loire (puis du Rhône et de la Loire), du Puy-de-Dôme, du Cantal, de la Haute-Loire, de l’Ardèche, de l’Isère, de l’Ain et de la Saône-et-Loire
Il faudra attendre la signature du Concordat de 1801 pour que la situation s’apaise.
Au titre de cet accord, les Evêques "constitutionnels" sont démis, tandis que le Pape demande en parallèle aux anciens Evêques "réfractaires" encore vivants leur démission formelle. De nouveaux prélats "concordataires" sont proposés par le Premier Consul (et bientôt Empereur) au Pape qui ensuite les nomme formellement.
La Révolution n’a pas pour autant détruit l’importance spirituelle de Lyon, et justement dans le cadre du Concordat, Bonaparte réserve l’important Archevêché de Lyon à son oncle Joseph Fesch.
Lyon conserve son rang métropolitain, avec maintenant pour suffragants, les Diocèses de Chambéry, Grenoble, Mende et Valence.
A la Restauration, le nouveau concordat de 1822, modifie la province métropolitaine de Lyon, en lui accordant pour suffragants les Diocèses d'Autun, de Saint-Claude, de Dijon, de Grenoble et de Langres. Simultanément, l’Archevêque de Lyon adjoint à son titre celui de l’Archevêché supprimé de Vienne.
De son côté, le Cardinal Fesch est contraint à un exil qui le conduira à terminer sa vie à Rome, loin de toute activité politique. Toutefois, demeurant toujours Archevêque de Lyon en titre, son Diocèse sera en conséquence et jusqu’en 1839 dirigé par des Administrateurs apostoliques, Archevêques responsables d’un autre Diocèse, chargés d’assurer sans en porter le titre, l'administration religieuse et temporelle du diocèse et de la province métropolitaine.
De cette époque débute la baisse de l’influence politique des Archevêques lyonnais, qui vont progressivement se recentrer sur leur mission pastorale, y compris même lors de la fameuse révolte des canuts de 1831, où l’Archevêque (Administrateur apostolique) de Pins, dont les opinions légitimistes il est vrai connues et reconnues, ne l’incitaient évidemment pas à soutenir le gouvernement orléaniste, plaça son action sur un strict plan religieux et social, sans prendre parti politiquement et publiquement pour un camp ou l’autre.
Avec l’avènement de la République en 1871 et la montée de l’anticléricalisme d’Etat, la situation se tendra un peu, toutefois, Lyon demeure moins réceptive que d’autres à la dialectique républicaine, de sorte que même la crise de 1905, et son point d’orgue, la loi de Séparation de l’Eglise et de l’Etat n’y entrainent pas de crise aussi aiguë qu’en d’autres lieux du pays.
L’Archevêque de Lyon est devenu un pasteur, qui, sans doute plus tôt que d’autres, s’est éloigné de l’essentiel des considérations de politique nationale, pour se recentrer sur les dimensions sociales et spirituelles de son ministère. Le meilleur exemple que nous pouvons donner à ce constat réside certainement dans l’activité du Cardinal Gerlier durant la seconde guerre mondiale. En 1942, il fait lire dans toutes les églises de sa province une lettre restée fameuse sur les "limites des droits de l’Etat" et organise dans les paroisses sous son autorité, à travers les écoles catholiques, les séminaires, les monastères, les abbayes et les églises de véritables filières de protection et de sauvetage des juifs, action qui lui vaudra en 1980, à titre posthume, la distinction de "Justes parmi les Nations" accordé par le Mémorial de Yad Vashem.
Sur le plan de l'organisation, la grande refonte de la carte ecclésiastique française de 2002, modifie la province issue de 1822. L'Archevêché de Diocèse de Lyon et Vienne reçoit pour suffragants les Diocèses d'Annecy, de Belley-Ars, de Chambéry, Maurienne et Tarentaise, de Grenoble, de Saint-Etienne, de Valence et de Viviers.
Enfin en 2006, Lyon retrouve son intitulé originel de Diocèse de Lyon, tandis que le titre de Vienne est repris par l'Evêque de Grenoble.
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